Своевременное выявление патогенных видов грибов в сельскохозяйственной отрасли, на технологических производствах, для целей экологического мониторинга и в медицине, безусловно, является актуальной и важной задачей для экономической безопасности и здравоохранения. В статье анализируются возможности флуоресцентной спектроскопии для анализа различий оптических свойств между непатогенными и патогенными грибами. На основе полученных матриц возбуждения-эмиссии флуоресценции были выделены три спектральные области, обладающие потенциалом для различения непатогенных и патогенных групп грибов (эмиссия, нм/возбуждение, нм): 325- 375/275-300, 375–500/325–375 и 325-375/275-300. Данные комбинации длин волн возбуждения и эмиссии флуоресценции могут быть использованы для создания устройств для обнаружения патогенных грибов на различных субстратах.