В данной статье рассматривается роль системы внутреннего контроля в организации, как в благоприятные, так и в кризисные моменты существования, на примере кризиса в результате «Covid-19». Данная тема достаточно актуальна, так как в настоящее время система внутреннего контроля является неотъемлемой частью деятельности компаний. В статье представлены основные цели и задачи внутреннего контроля, его роль в привычной жизни организации и в жизни сотрудников компании. Был проведён анализ того какие изменения произошли на предприятиях в системе организации внутреннего контроля вследствие пандемии коронавирусной инфекции, разработаны рекомендации для применения организациями в таких ситуациях и типичные ошибки, совершаемые предприятиями. Представлены закономерности изменения принципов и методов организации системы внутреннего контроля. Исследованы изменения, произошедшие в системе внутреннего контроля крупнейшей российской компании РЖД вследствие кризиса. В конце, после проведенного исследования, был сделан вывод о значимости системы внутреннего контроля на каждом предприятии, как в кризисные, так и в стабильные моменты существования.