Для совершенствования инструментов формирования национальной инновационной системы в целом и региональных инновационных систем в частности предлагается регионам с низкими или отсутствующими показателями инновационного развития выделять дотации из федерального бюджета в размере не менее 0,3 триллиона рублей (60%) от общей суммы планируемого профицита бюджета 2018 года. Целевые денежные средства из федерального бюджета, предназначенные на выравнивание финансовых возможностей бюджетов субъектов Российской Федерации, необходимо вкладывать в инновационные технологии, создавая инновационные кластеры в регионах. При формировании национальной инновационной системы важным инструментом в регионах является наличие центров кластерного развития, так как они смогут полностью координировать всю инновационную деятельность участников кластера. Опорные университеты, входящие в научно — образовательный модуль центра кластерного развития, должны являться ядром формирования инновационного развития в регионе.
