В настоящей статье рассматриваются проблемы организации научной деятельности в военных образовательных учреждений Министерства обороны Российской Федерации. В ходе исследования проведён корреляционный анализ зависимости результатов научной деятельности названных вузов от научных достижений их руководителей, обоснована их прямая связь. Установлены причины имеющихся проблем, предложены пути их решения. Сделан вывод, что решение проблемы возможно путём изменения подходов к назначению руководителей военных образовательных учреждений (начальников и заместителей начальника), их периодической переаттестации, плановой ротации и установления обязательных критериев ежегодной оценки результатов научной деятельности как самих руководителей, так и вверенного им учебного заведения.